תחנות ניטור אוויר על הגדר מנטרות את איכות האוויר בגדר המפעל בסמוך למקורות הפליטה הלא מוקדיים (להבדיל ממקורות פליטה מוקדיים – ארובות המפעלים). התחנות התפעוליות אינן משקפות את זיהום האוויר אליו נחשפת האוכלוסייה. התחנות האלה מוקמות על פי הוראת ממונה, כאשר קיים צורך מקצועי להעריך את ההשפעה הסביבתית של פליטת מזהמי האוויר ממקור הפליטה על הסביבה.

במקרים שבהם אותרה חריגה מערכי סביבה בתחנות הניטור על הגדר, תתבצע הערכה לגבי השפעת מקור הפליטה על האוכלוסייה בסביבה. על פי רוב, יישקלו בשלב ראשון אמצעים מינהליים להסדרה ומניעה, בלוח זמנים שייקבע (Action plan). האמצעים ייבחנו גם לאור עמידת מקור הפליטה בתנאים ודרישות המחייבים אותו ממילא מכוח היתר הפליטה, רישיון העסק או הוראות אחרות שניתנו לו. ככל שבעל מקור הפליטה לא יעמוד בדרישות הנוספות או שהחריגות מתמשכות על אף הצעדים הנוספים, יישקלו אמצעי אכיפה נוספים.

נתוני התחנות התפעוליות יפורסמו שבעה ימים מעת קבלתם בבסיס המידע של מערך ארצי לניטור אוויר. מאחר וישנה חשיבות רבה לכך שהמידע המשתקף לציבור בפרסום יהיה מדויק ככל האפשר, במסגרת תהליכי הבקרה המתקיימים במנ"א.